決定凈化手術室造價的第一大因素(factor)為裝修費用，費用主要包括墻面、地板、頂棚、走廊、門窗等根據凈化手術室的特性而進行的整體裝修，大型醫院需設置風淋室；第二大因素(factor)是凈化空調，目前國內主要采用的國產凈化空調在其品牌信譽與使用性能方面存在很大的差距，而凈化空調對凈化手術室的作用又尤為重要，所以在凈化手術室造價方面的差異化在很大程度上由此而來，包括層流罩以及送回風口部件、無影燈等凈化手術室專用器材在價格與質量上同樣存在差距；第三大因素(factor)是其他醫療設備，如：手術室器械柜、觀燈片、手術時器械柜等；第四大因素(factor)是氣、電、水工程，主要包括綜合布線、強電工程、用電控制（control)系統以及醫用氣體工程、給排水工程。手術室裝修確保手術臺潔凈度達標，一般多采用垂直層流式效果較好 層流手術室是一個"正壓"環境，其空氣壓力根據其不同區域（如手術間、無菌準備間、刷手間、麻醉間和周圍干凈區域等）潔凈度不同要求而不同。
綜上所述，凈化手術室造價因其工程的特殊性(particularity)決定了其造價的多方面因素(factor)的不確定性，目前醫院招標過程中的工程承接商的報價(quotation)，都是基于以上提到的幾大因素(factor)而提出的。凈化手術室由于手術室要嚴格控制低細菌數及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩定性是層流凈化手術室的重要驗收指標。由于歐美手術室潔凈標準與中國環境存在細微差別，常規的國際標準和國內區域行業標準都普遍難于確保手術室凈化的長期穩定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質量方面出現了明顯的檔次劃分。凈化手術室采用空氣潔凈技術對微生物污染采取程度不同的控制，達到控制空間環境中空氣潔凈度適于各類手術之要求；并提供適宜的溫、濕度，創造一個潔凈舒適的手術空間環境。
