醫療凈化屬于生物凈化，與食品車間、電子光學車間的工業凈化有很大的不同，尤其是潔凈室機組，醫療凈化工程中，須選擇生物潔凈室空調機組，而不是而不能選用普通的工業空調機組。

　　普通空調機組內阻的濕度和溫度以及大量積存的塵埃，非常適于細菌滋生，而醫療凈化室屬于生物凈化室，生物凈化室空調處理的控制指標又要求濕度優先的原則，所以在選用空氣處理機組時，優先選擇生物潔凈機組。在機組配置上，除了冷熱源機組外，與普通工業潔凈室的機組是不同的。生物潔凈室機組的風機、材料、過濾器、消音器及新風處理方式等都有特殊的設計和較高的要求。

　　醫療凈化工程中，如果采用普通工業潔凈室機組代替生物潔凈室機組，每臺差價達數萬元至十多萬元之多。極少數的公司在實際、施工時，有意為建設方提供有缺陷和不足的設計、工程，以滿足建設方的低價要求或獲取利潤最大化，這是不可取的。

　　另外，還有一種醫療凈化工程被稱為“偽凈化工程”：只在新風機組設置初效、中效和末端的高效過濾器，沒有設置循環機組段，以極其簡化的配置和方式進行醫療凈化施工。更有甚者，在整個系統的風機配置中，只做了幾個機殼，內部只有風機和中效過濾段，這種方式是根本不行的。

　　醫療凈化室和工業潔凈室有很大區別，如果不了解醫療凈化分區和流程設計的總體原則，那么在設計上，在系統配置、設備功能、用材質量上都會存在很多問題，竣工后在使用中能耗大，控制感染與交叉感染的效果差。

　　醫療凈化已成為現代化醫院的標配。實施醫療凈化工程，須選擇專業、負責的凈化公司，尤其是要求凈化公司對醫療凈化這個方面有經驗，水平高，這樣才能保障建設的醫療凈化室的高質量，同時，追求價格合理，但不要過分的追求低價。