1、科學選址：凈化車間設計時，選址很重要，所在地周圍的自然環境和衛生條件良好，最好遠離交通干道、貨場，廠區、地面道路不起塵，宜設置綠化帶，垃圾、閑置物品不應露天存放，以免廠區環境對無菌醫療器械的產生污染，并加大醫療凈化車間的運行成本。

　　2、潔凈分區：按照空氣潔凈度級別，可以按人流方向，從低到高，醫療凈化車間是從內向外，由高到低。

　　3、按生產工藝流程布置：凈化車間設計流程盡可能短，較少交叉往復，人流、物流走向合理。醫療凈化車間的面積應在保證基本要求前提下，與生產規模相適應。

　　4、人均面積：在凈化車間設計中，應保證人均面積不少于4.2平方米。如果人均面積太小，一方面使得操作區域減少，交叉污染的可能性增大，另一方面人數太多，凈化難度大。

　　5、保證新風量：在凈化車間設計中應保證充足的新風量，應足以補償室內排風量，并使得醫療凈化車間保持正壓，車間內每人新鮮空氣不應小于每小時40立方米。

　　6、特定負壓：大部分的醫療凈化車間應保持正壓，但部分生產車間須是負壓，比如陰性、陽性血清、質粒或血液制品的處理操作便應當在負壓車間內進行，并且至少要達到萬級潔凈度。

　　7、避免交叉污染：在凈化車間設計中要避免生產過程和原料廠對產品質量產生的污染;避免不同級別的潔凈車間(區)的交叉感染，須在它們之間設置氣閘室或防污染措施，用雙層傳遞窗傳送物料。

　　隨著國家對藥品安全的監督日益嚴格，凈化車間的作用也越來越突出。在建設過程中，經驗豐富的醫療凈化公司還會根據實際情況，對設計方案予以恰到的調整。不要小瞧這一點微調，對于以后的運行效率有很大的影響。